Lo que necesitas es crear un punto de quiebre, sí estas en netbeans haz click en la derecha de una línea y hasta ahí se ejecutará tu programa, luego pasando el ratón por encima de las variables vas viendo el valor actual de cada una de ellas para ver donde está el error
Exacto, Netbeans incluye un debugger con el qe puedes añadir breakpoints en cualquier paso.
Saludos