Pues para que no pierda la portabilidad la única cosa que conozco es lo que ya decías... ofuscar el código. La ofuscación, para los que no sepan, es modificar el código fuente original, por ejemplo:
- Incluyendo cálculos innecesarios
- Colocarle nombres extraños o que no tengan nada que ver a las variables
- Crear métodos más grandes (en vez de subrutinas)
Aún así, la ofuscación no es un método para proteger un programa... sino para hacer más difícil su comprensión, una vez se obtenga el código fuente (por el método que fuere). La ofuscación, se puede hacer manualmente, lo que conlleva a que puedan aparecer posibles errores (y que, ni nosotros entendamos lo que hemos hecho).
Por tal motivo existen herramientas para ofuscar programas en java. Tal es el caso de ProGuard... copio y pego:
La herramienta ProGuard nos permite optimizar y ofuscar nuestro código java una vez compilado. En una primera fase elimina las clases y métodos no utilizados y los elimina de los .class. Luego optimiza el código resultante y por último lo ofusca renombrando clases, métodos y campos con nombres poco legibles.
Puede utilizarse mediante el típico asistente, invocarse desde línea de comandos o a través de Ant. Es multiplataforma y tiene licencia GPL.
Aunque la verdad no le he probado. Te tocaría indagar un poco más!
Un saludo!
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, pero mi pregunta es? 
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