A ver, con javac los compilas a bytecode, luego tienes que ejecutarlos. Para eso usas java.exe nombredeficherocompilado
Hay que tener en cuenta varias cosas.
al hacer javac nombrearchivo.java obtienes un fichero llamado nombrearchivo.class
Para ejecutarlo tienes que poner simplemente java nombrearchivo, es decir, no pones la extensión.
También tienes que definir la variable de sistema CLASSPATH, aquí tienes cómo hacerlo:
http://www.hispabyte.com/foro/index.php?act=ST&f=79&t=14697&s=8e30f2b95efa61f4681d29688f86a52f