1) ¿Que tan bueno eso?, personalmente lo veo como una especie de OllyDbg con múltiples opciones. ¿Sería el más decente en su especie?
Lo he probado un poco y le encontré muchos errores (crashes). Decidí probarlo por su interface "Olly-style" y la verdad es que esta muy bueno. Hay otro dbg que tambien usa QT, pero que no esta tan desarrollado como este: BugDBG. Lo desarrolla CyberBob, el creador de PeSpin.
Con respecto a Nanomite, estoy armando una lista de bugs para pasarselos a Zer0Flag (el developer), pero creo que la ultima version es de diciembre del 2012. El dev esta disponible en exetools.
2) Dentro de la carpeta Win32 & x86 se encuentran las carpetas Debug, para que son?
Esos directorios tienen las versiones del debuger: 32 y 64 bits. Yo uso solo la de 64 porque para 32 esta Olly...
Saludos!