El problema es que seguramente eso esta en una sección de datos, y tras esa cadena hay otros datos que jodes al sobreescribirlos, no entiendo exactamente que es lo que queres hacer pero tal vez una solucion sea declarar la variable con un tamaño mayor al "real" (asumiendo que el ejecutable lo generaste vos), por ejemplo:

En ese caso yo haria esto:

A. Aprovechando el formato PE exportaria la variable como un puntero (nulo o a un valor que quieras, tipo 0xFF00FF00 o 0xDEADDEAD) a caracter y compilaria el programa normalmente.

B. Crearia otro programa que haga los siguiente pasos a grandes rasgos:

1. Abre el ejecutable generado
2. Guarda el EOF en una variable
3. Escribe el script desde el final del archivo existente (y guarda el nuevo EOF si queres agregar mas cosas despues)
5. Abre el ejecutable pero ahora mappeado en memoria
6. Busca la variable exportada, la localiza en memoria y cambia el puntero al antiguo EOF

Se necesitaria codigo para manejar el PE con lo cual seria una solucion mas costosa de implementar pero me parece que quedaria muy limpia, generica y facil de extender: queres agregar otra cosa, simplemente exportas otra variable.

PD. No esta paso por paso, tenes que cerrar el archivo antes de mappearlo, etc.

Y si ... ya lo menciona el mismo en el primer mensaje pero no parece querer hacerlo de esa manera ... sino MSDN.