Primero de todo, si puedes abrir la tapa y asegurarte de que ese ruido viene del disco duro, no estaría mal

Para comprobar el disco duro te dejo el enlace a otro hilo para que compruebes a fondo.

https://foro.elhacker.net/hardware/pc_se_pega_y_luz_de_actividad_de_disco_duro_se_desactiva-t295712.0.html;msg1464523#msg1464523

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Que Windows usas? versión modificada? has revisado el visor de sucesos para ver los errores?

Has revisado las temperaturas? has comprobado las memorias?

Absolutamente ningun problema con Linux?? Drivers actualizados¿? has hecho algún cambio de controladores recientemente?

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Saludos!