Buenas the_walox!
mi pc antiguo murio
Sería interesante que comentaras lo que le ocurre a la máquina esa que supuestamente murió, no enciende? has probado con otra fuente? especifica

y necesito recuperar las cosas que no son respaldables al ponerlo de esclavo en otro pc, como lo son los marcadores de Firefox y la lista de enlaces de JD..
Has probado conectando ese disco duro a otra máquina como esclavo y te lo detecta? si el disco duro está K.O no vas a poder recuperar nada, si la maquina no lo detecta y está practicamente muerto.
Para recuperar marcadores puedes irte a "C:\Documents and Settings\[tu usuario]\Datos de programa\Mozilla\Firefox\Profiles\[xxx].default\bookmarkbackups" ahí tienes la copia de seguridad de los marcadores (te apareceran 5, supuestamente todos los marcadores de los 5 días ultimos) Luego importas. No te olvides de mostrar carpeta y archivos ocultos.
EDIT:En cuanto a jdownloader, (no recuerdo bien

) en el archivo "database.script", (carpeta config), deberias tener la lista de descargas entre demas aspectos de configuracion de JD, tendrias que recuperar ese archivo... fijate también en la carpeta backup donde tienes las diferentes copias hechas en .zip de database.
El caso es si te reconoce ese disco duro al conectarlo y no está dañado.No has especificado demasiado.
Saludos