Por casualidad has mirado el estado de las particiones en el administrador de discos¿? Aparte de todo has llegado a escanear con AV? en Software tienes CDs para escanear:

http://foro.elhacker.net/software/cds_autoarrancables_para_casos_de_emergencia-t204137.0.html

Puedes usar alguno Online también.

Lo que si te recomiendo que hagas es que revises el estado del disco duro mediante S.M.A.R.T. Puedes usar Hard Disk Sentinel, te permitirá saber el estado del disco duro y si existe algun tipo de problema al leer los parámetros de este, te da bastante información. Podrias también descargarte las Tools del fabricante del disco y comprobarlo.

A unas 'malas' puedes formatearlo a bajo nivel, volver a instalar sistema y crear las unidades que veas oportunas ¿Qué disco duro tienes?

Unidad desfragmentada y con errores corregidos?

Comprueba todo lo que te he dicho. Por cierto, usando el buscador del foro tienes bastantes temas que hablan de problemas en discos y lo que se recomienda hacer.

Saludos!!

Ya cuentas que tal te fue

Saludos