Existen ciertas ventajas si particiono un HD externo, por ejemplo con una particion ext2 para que no la vea windows y te de cierta seguridad en tus documentos. Puedes tener una particion de pruebas donde la formatees a cada rato mientras tienes tus cosas en otra particion sin ningun problema, facilita la busqueda de archivos por ejemplo al buscar en una sola particion y no en todo el disco.
Pero a final de cuentas como el dispositivo fisico es el mismo, cualquier daño fisico que sufra sera para todas las particiones asi como la vida util del HD. Al menos eso creo, de ahi mi pregunta ¿que beneficios significativos tengo al particionar un HD externo de unos 500GB?