¿Cómo detengo chkdsk sin causar daños?
Si has iniciado un escaneo entonces no deberías detenerlo, pero bueno, dale foco a la ventana de la CMD e intenta pulsar
CTRL + C, esto debería enviar una señal al proceso
CHKDSK.exe para interrumpir el escaneo, abortar la operación (de forma segura) y la ejecución de dicho proceso. Que funcione o no lo haga depende de si el programa en cuestión controla la señal de interrupción y en lugar de terminar la ejecución decida no hacerlo por "X" motivos.
¡Saludos!