claro basta con formatearlo en ntfs y por defecto deja 4096 bytes de sector,
Es posible que el problema venga despues, si intentas clonar ese disco o clonar una partición del mismo, creo que las utilidades que se usan abitualmente para ello no estan preparadas para reconocer más que 512 por lo que esa puede ser una limitación de uso.
Es posible que yá haya alguna que lo pueda hacer, pero la desconozco.
Salu2.