Yo creo que deberias, formatea la USB con FAT32 desde Windows y usa UNetBootin. Deberias poder bootear la USB en modo EFI.

No tengo una Mac pero me imagino que debe tener sus opciones de boote igual que un PC. Parece ser que si presionas la tecla Alt al iniciar el sistema puedes acceder a una opcion que dice EFI Boot. Que mas decir que todo esto no lo he probado y cabe la ligera posibilidad que al instalar Ubuntu te deje el sistema en un estado dificil de arreglar (por lo menos por mi, que no manejo macs).

Yo tengo una mac mini y no se puede instalar nada mas Linux como sistema único, ya que al prender el equipo nunca inicia el sistema, se queda bloqueada por no tener Mac OS X, entonces necesitas si o si Mac OS X para poder arrancar Ubuntu.

Saludos.