Te diría que reinstales, total ... las particiones home van por separado y no perdés nada (claro está, respaldá la config que tengas por /etc si tenés algo cambiado ).
Por que cazar un error así toma mucha paciencia y hay que ver en qué parte se dá...
eg. si es algo a nivel kernel, si el kernel responde, si es xorg, si es una aplicación tomando toda la cpu, un swappeo agresivo, pueden ser mil cosas cosas causadas por otras mil.

No, que formatees la partición del so ( que sería /) y la que pertenece a home (/home) se la indiques al instalador para USAR, no formatear.
cualquier instalador permite eso, y es muy común cuando uno reemplaza el sistema.

Es algo que uno hace todo el tiempo, hace poco lo hice con un Fedora (15→16 ) y ahora voy a hacerlo con otro Fedora para cambiarlo a un OpenSuSe ... sin perder datos, claro está, para eso se pone /home por aparte.

Saludos.