Para que mejor te respondán seria bueno que dicieras que tipo de distro vas a usar.
Yo no entiendo mucho pero...


Las instrucciones de seguridad y busca de fugas en linux a lo que yo tengo visto se basán en comandos y unas cuantas directorias en ./
Para que el sistema estea un poco más seguro puedes usar un firewall - estilo Firestarter, y un antivirus tipo avast o avira.

No necessitas más recuerda que siempre el usuario root tiene privilégios de instalacion y auditoria del sistema (con comandos).

Esto es lo que yo se.

Yo considero a Carlos Morimoto un genio explicando Linux tienes aqui una página muy buena con todo lo que tienes que saber de seguridad en linux. (esta en portugues)

http://www.guiadohardware.net/guias/30/

te enseña desde kismet a nmap , firestarter etc.