tenes instalado ubuntu en una particion distinta a la de windows supongo no?

Bueno a menos me voy a referir estrictamente a lo que escribes:

No, no debes formatear todo, simplemente tienes que formatear la partición donde instalaste Ubuntu, y ya está, Ten en cuenta que cuando formatees dicha partición seguramente no instalarás una nueva Distro al instante, así que lo más seguro es que pierdas el GRUB (que seguramente es el que usas para administrar el arranque, si no es así, haznolo saber), y para poder volver entrar a Windows neccesitaras un disco de instalación de este para corregir los problemas de inicio.

Saludos