Hola,
nunca lo he probado, pero has pensado en una búsqueda con "find" que devuelva todos los archivos con permiso de ejecución?

Eso te daría todos los archivos ejecutables, tanto los instalados con make como los instalados de otra forma (si lo que quieres es quedarte únicamente con los compilados a mano, supongo que habrá alguna forma de filtrarlos, pero dependerá del gestor de paquetes que uses)

Abur!