Hola, instale Gentoo utilizando como particion root una particion ext4, pero ahora cuando quiero bootear no me permite iniciar gentoo y me dice que tiene problemas para montar ext3-fs ¿? alguna ayuda para no tener que volver a instalar todo en una particion ext3

Hay posibilidad de obtener la salida que te da ? si no, hay que andar adivinando ...
Aunque me huele a que el problema está en como compilaste el kernel .... lo configuraste/compilaste manualmente o vía genkernel ?

normalmente cuando compilás, podés meter el módulo dentro de la imagen del kernel o dejarlo en un fichero separado ...
si tomás la segunda opción y hablamos de un módulo que sea "crítico" (como el de ext4), tenés que generar un ramdisk (initrd) donde meter los módulos para que sean encontrados y cargados por el kernel fácilmente ...
si tomás la primera .... está todo bien, ya tenés soporte in-kernel ... pero si no ... podés tener problemas

si pudieses darnos el output, sería facilísimo diagnosticarlo

Saludos.