Necesitas un bootloader como por ejemplo grub. Esto ya suele venir automatizado no hay que instalarlo manualmente.
Si intalas windows y luego linux, se te instala el grub si lo haces al revés windows tb tiene su bootloader.
Se recomienda instalar windows y ubuntu en segundo lugar.
Lo ideal es crear particiones para diferenciar windows de linux y luego en la de linux puedes optar por que el sistema reparta el espacio de forma automática o crear particiones manualmente.
Si lo haces manualmente puedes poner algo como esto:
ext2 /boot
swap (el doble de la memoria que tengas en tu pc)
ext4 / (archivo raíz para el sistema de archivos)
xfs /home (opcionalmente para tus archivos personales)
Es extraño que desaparezca, que procedimiento empleas?
Lo he intentado desde el boot o en el ejecutable desde windows y el resultado es el mismo, es raro, pues cuando instalo una version distinta de windows si hay arranque dual, menos con linux