... Lograria ejecutar esos programas extra ??
Si, quizá quieras revisar algunas variables como PATH para ver que todo esté en orden.
... podria hacer funcionar algun entorno grafico?
Yes, lo que sí, tenés que montar /dev y /proc si querés algo que ande (no recuerdo si hay algo que necesite de sys), ejemplo:
cd /media
mkdir mount
# aca montas el dispositivo en mount
mount -o bind /dev mount/dev
mount -t proc none mount/proc
después, debería andar todo bien ...
... los logs de lo que ejecute se guardaran en el sistema instalado o el virtualizado?
depende del daemon que maneje los logs y la configuración ... fijate, y lee la manpage para ver el comportamiento default y cómo cambiarlo.
... puedo ejecutar comandos que solo estan en el sistema instalado?
Así es, acordate que cambiás el / (root) y lo otro, "deja de existir"
Saludos.
P.S: NUNCA uses chroot como mecanismo de seguridad ... te conviene usar cosas como Jails en FreeBSD, Zones en Solaris, Linux creo soporta virtualización a nivel S.O ... pero ni idea de cómo se llamaba :B