que diferencia notable existe entre usar debian y usar ubuntu?
A grandes rasgos:
.Visual: Ubuntu esta mas trabajado visualmente
.Compatibilidad con hardware "out of the box": Debian por defecto no utiliza drivers privativos, por lo que puede ser que algun tipo de hardware no sea soportado en debian cuando lo instales y en ubuntu sí (aunque igual no deberías tener ningun problema para instalar estos drivers luego en Debian).
.Versiones de software: Debian (a menos que uses la rama testing o unstable) solo utiliza versiones ultra-testeadas de software, por lo que si quieres tener siempre las últimas versiones de tus aplicaciones, no es lo mas recomendable (Ubuntu utiliza versiones mas actualizadas). Por el contrario, para un servidor esto es muy bueno, ya que estas utilizando versiones de programas que han sido profundamente testeadas.
para hacer un servidor casero, que distro deberia usar? me han recomendado debian
(el servidor seria para una pagina web)
Hay miles de distros que son adecuadas para servidores, pero si la duda es entre Ubuntu o Debian, yo iría por Debian.
y puedo instalar un servidor en un disco externo y correrlo normalmente?
De poder se puede, pero cual es tu idea? Queres utilizar el disco en distintas PC's?