Depende que distro ... depende que versión del kernel y qué sistema de archivos uses ... también cuán seguido toquetee el programa esos archivos para escritura (puede ser un fallo del soft, por que me resulta *raro* que escriba tanto en ficheros de config, especialmente en el archivo de reglas del firewall)
Por que con un kernel de la rama 2.6.3x no tenés dramas (de hecho en plena compilación dura en medio de un evento - tenía mi pc en un stand - me "patearon" sin querer la toma de energía 5 veces y ext4 resistió perfecto), por que tenés ext4 que viene con un lindo
journalingDesafortunadamente no conozco la distro, pero debe ser un frontend para iptables/netfilter, así que, me resulta anacrónico que esos archivos se corrompan, lo que podés hacer es tipear en la consola un
sync(8) cada vez que vos toques los archivos de config para que se escriban a disco físicamente y no pululen en la pagecache ... ahora, si se escriben "solos" te diría que cambies de distro, por que es ilógico un comportamiento así ...
Igual, también te diría que aprendas sobre iptables/netfilter por que los frontends para estos, por lo menos en mi experiencia y la de algunos amigos sysadmins encontré que son muy malos y que a la larga causan más problemas de los que solucionan ...
Saludos.