Este es el comportamiento por defecto de Gnome. Quizas haya alguna forma de cambiar este comportamiento, pero la verdad que no la conozco, antes habia una opcion en gnome tweaks, pero por lo menos en mi instalacion de Fedora 29 ya no la veo :p
Si realmente quieres usar iconos o carpetas en el escritorio, te recomiendo que uses Kali con un entorno que soporte esto (e.g. KDE, XFCE), o consultes en los foros/reddit de Gnome si se puede habilitar esto.
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