Y tu usuario tiene permisos? porque no simplemente gestionas todo como root, y asignas los permisos a las carpetas de forma recursiva que cubra tanto a ficheros como subcarpetas cuando usas chmod.

además de eso debes usar chown para asignar permisos de sesión al usuario correspondiente para manejar eventos dentro de cada sesión permitida por el administrador.

Como no es muy claro lo que nos dices pues te diria que consultes los permisos de tu usuario actual, y pues usa sudo con un usuario que tenga permisos completos de administrador (puedes modificar los permisos del usuario usando visudo o modificando el archivo directamente en /etc/sudoers, pero pues el tuto lo buscas por tu lado, no es dificil) o pues, haciendo todo como root.

Además, que servidor y cliente ftp estas usando para gestionar los archivos??