Yo creo que la mejor forma de aprender linux es usándolo, lo que si te podría recomendar es que uses una distribución en la que necesites configurar mas cosas a mano, esto te va a permitir aprender mas sobre como funciona el sistema operativo.
Algunas de estas distribuciones pueden ser:
.Slackware (yo la use hace varios años, nose si ahora sigue igual o está mas automatizada)
.Arch Linux
.Gentoo
Siendo Gentoo la que mas configuración va a necesitar.
Yo las cosas que leí, las leí porque necesitaba resolver un problema en particular, de esta forma la lectura es mas interesante y el conocimiento queda.
Algo que también te puede llegar a interesar (y que va con libro incluido
) es el proyecto linux from scratch:
http://www.linuxfromscratch.org/
La idea de este proyecto que te enseña como construir tu propio sistema linux paso a paso desde la base. La idea de esto, es enseñar como funciona el sistema operativo, y como sus componentes se relacionan entre si.
Esta es la página del proyecto de traducción al castellano:
http://www.escomposlinux.org/lfs-es/
Y también hay un post en el foro con todos los elementos necesarios (los archivos y el libro):
http://foro.elhacker.net/gnulinux/linux_from_scratch_63_todo_lo_nesesario_y_en_espanol-t281264.0.html;msg1386376
De ahi para recomendar libros, la verdad que yo solo leí uno y me pareció demasiado general, asi que no es recomendable. Lo que pasa es que para recomendar un buen libro deberías especificar un poco mas que es lo que querés. ¿Un libro sobre programación en el kernel? ¿Un libro sobre alguna distribución en particular?, ¿Seguridad en linux?, ¿Infraestructura?.....etc
Saludos
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Bender: Y a pesar de que el ordenador estaba apagado y desenchufado, una imagen permanecía en la pantalla… era… ¡¡el logotipo de Windows!!
) y por que digo esto? Facil...Ubuntu (en su buena tarea de ser un SO facil de usar) lamentablemente cada vez mas se aleja de la 
