Que andais haciendo,!! Kali es u  debian no?
Le estais metiendo repos de ubuntu o estais poniendo ubuntu como kali, si fuera eso me parece que os va a generar errores que remastersys no va a saber gerir, porque no adicionais antes los repos de backbox? o entonces bajais una iso de kali aunque sea debian wheezy y haceis la prueba con la version experimental para wheezy de remastersys, pienso que os podria salir bien.

HUm, si le estais metiendo mucha cosa y pasais 4GB de datos remastersys no puede hacer mucho, tendria que ser backup mode pero eso lleva cosas en toda home.

Pero mirad que para meter 4GB en una ISO de isntall hay que meterle mucha cosa mismo.

UBuntu Builder no es gran cosa es una GUI de config y no tiene la libertad de que tu hagas las cositas manualmente y despues solo te genere la ISO.
 
Por lo que veo es un backup mode, haz la escoja de discdfs y despues dist ISO si la quieres compartir con toda la gente que no solo amigos vamos, otra cosita asegurate de pasar todo /home a /etc/skel y despues cerrarlo a root  - sudo chown -R root /etc/skel

Mirad a mi me salén siempre bien y de no ser porque a veces me olvidod e repasar el historico de algunas cosas me saldria bien a la primera , no es culpa de remasterys sino mia que me olvido siempre de algo eheh.

- Bajate la remaster que yo tengo - http://tux-a-solta.blogspot.pt/p/tas-2-update.html - tiene el remastersys ya configurado , es solo que cambies los nobres de ISO y user para que no salga TAS... nada más

Le metes repos de UBuntu los que quieras, ya tiene los de backbox abiertos.

le cambias todo la haceis a vuestra manera y se sale mal entonces es seguro que es algun paso en el content de /home que os esta pasando la pierna.

Si todo el mundo dice que es facil que patatin e patatan ,pero aun no hay nadie que consiga demostrarnos que es posible ,subiendo una iso,yo la verdad es que lo intento pero cada vez que instalas las herramientas al final tienes  el sistema que no arranca o se va todo al garito,bueno tengo hasta que tenga dinero ,un pentium 3 y la verdad no puedo hacer gran cosa.

Pues no se cual es el problema en mi caso te lo puedo demostrar - http://www.blogger.com/blogger.g?blogID=527815202409064668 - une las partes con hjsplit apuntando al primer archivo -

TasHack.iso.001 , te las unira todas y tendras una ISO, con unetbootin la quemas y tienes una version remasterizada de xubuntu, lo mismo hacén con otras distros - salineos, Bugtraq etc.

Asi que si funciona? te puedo garantizar que si.Otra cosa es que andes metiendo repos de debian en ubuntus o repos de ubuntus en debians.

gevenux si puedo te la subo