Eso no depende de la distribucion linux. Depende de la codificacion que tengas.

Pon esto en la consola

Informate sobre locale y locale-gen.

Según el editor que uses, son las opciones de codificación y de guardado.

Por ejemplo, en gedit (editor por defecto de Ubuntu y GNOME), puedes cambiar las opciones de codificación al guardar un documento, así como el estilo de terminado de línea (Windows, Mac o Linux). Te recomiendo que guardes seimpre con terminación Windows, pues así podrás ver correctamente los archivos en Windows y tu distro, en tu caso, Ubuntu.

Saludos