Es simple, quedo mal particionado, lo hiciste manual????? al momento de instalar la organización del espacio de carpetas vitales como /etc /usr /opt y otras se quedaron sin espacio, no es solamente /boot /root /home, bueno si te pones a particionar manualmente tienes que, pues, efectivamente ponerle mucha atención al manual.

Yo siempre particiono de la siguiente manera:

/ ---> 50% de espacio.
/home ---> 50% de espacio.

Yo no uso memoria swap (con 4gb de espacio, realmente no me molesta, aunque uso linux mint debian de 32bits, así que solo coge unos 3,5gb, suficiente para mi) y el booteo del sistema lo dejo instalado en el mbr.

Amigo, ese problema así como esta, me salio exactamente en un arch, por hacerme el mago y ponerme a jugar con los espacios, y la otra ocasión con un linux mint debian, por un un error del sistema mismo, tuve que reescribir la partcion raiz /, y sale, problema solucionado.