Avidemux tiene versión para Linux y en funcionalidad anda muy parejo a VirtualDub (si lo quieres probar en Windows la versión de Windows es igual a la Linux)
También tienes el
OpenShot. Este no lo he probado mucho así que no te puedo comentar gran cosa de él. Si lo quieres probar puedes descargar una LiveCD de Linux con él instalado desde la propia web de OpenShot.