Hola buenos días, sobre el título, no sabía qué ponerle pero el caso es:
me gustaría saber si se podría arrancar un Sistema Operativo de un disco duro "antes" de que arranquen los otros SO, es decir, tengo 1 disco duro donde hay un Debian y un Windows 8.1, luego tengo otro disco duro pero es solo para datos. Mi duda es si se puede tener un tercer disco duro en el cual haya un sistema como Debian o Freebsd y demás y que éste arranque primero.
¿Que para qué quiero esto?, pues me gustaría tener algo de protección en mi equipo por ejemplo tener un Proxy o un Firewall(o ambos) en ese tercer disco duro y que éste sea el que gestiona la entrada y salida de paquetes.

PD: Principalmente lo que quiero es montar un tercer disco duro como si tuviera un ordenador aparte en el cual haya un Proxy/Firewall instalado y que arranque antes que los demás.

No puedes bootear multiples particiones al mismo tiempo, el firmware da la orden de booteo como punto único de entrada y de ahí el SO se encarga de todo. Encima tener un SO entero corriendo solo para proteger el otro SO me parece un poco excesivo. Si acaso poner un buen proxy/firewall en tu SO principal o un equipo en red dedicado a esto.

Te vale con un firewall en el SO que se ejecuta. Si quieres si o si un completo SO solo para protegerte la única alternativa es que uses un vm guest como tu SO princial xD

Por otro lado, puedes mirar standalone firewalls. Un ejemplo basico seria una raspberry pi con IPfire que haga de gateway entre tu PC y el router, y aunque no es el mejor (vas a tener bottlenecks) es pequeño y no te hace falta mucho espacio. O por otro lado, si to router lo soporta, puedes reemplazar el firmware con OpenWRT y configurar su firewall como desees.

Saludos