¡Buenas!
Si el pen tiene label "Ububntu blablablá", supongo que ya lo habías utilizado como live usb de Ubuntu, y es posible que tenga pariticiones "extrañas" (así las llamo yo a falta de una palabra técnica para definirlas  

)
Primero métete en un terminal y ejecuta 
sudo fdisk -l para saber cual es la unidad del pen (te saldrá una lista de todas las unidades y sus particiones, sabrás cual es el pen por la capacidad de la unidad, será algún /dev/sdbX o /dev/sdcX...). Para evitar liarte, antes de ejecutar el comando desconecta cualquier unidad externa y deja solo el pen. En este caso supondremos que el dispositivo es  
/dev/sdb y la particion 
/dev/sdb1, aunque también podría haber particiones del tipo 
/dev/sdbpX...
Desmontamos la partición: 
sudo umount /dev/sdb1A partir de ahora se trabajara con la unidad desmontada.
Ahora eliminaremos cualquier particion que existiese y dejaremos el pen como nuevo (mas o menos):
- 
sudo fdisk /dev/sdb (no pongas el número de la particion, solo el nombre del dispositivo)
- Con el comando 
p veras la lista de particiones. Utiliza el comando 
d para eliminarlas todas (te irá pidiendo en cada caso el número de partición).
- Crea una nueva partición con el comando 
n. Creo que lo primero que te pedirá será el número de partición. Pones 
1 y luego dejas el resto de opciones por defecto pulsando intro.
- Guarda los cambios y sal del programa con el comando 
w. Espera a que se escriban los cambios en el pen (no tarda nada).
Ahora crea el live usb: 
sudo dd if=/ruta/completa/de/la/iso of=/dev/sdb (tampoco se especifica el número de partición. Sólo se pone el nombre del dispositivo). Espera a que se escriban todos los datos (dependiendo del tamaño puede tardar entre un rato y un buen  rato  

)
Ya tienes listo el live usb
¡Saludos!