el problema es que utilizas networkmanager.
tienes que matar totalmente el networkmanager, mientras no lo mates no te podras conectar con nada que no sea networkmanager, ya que se apropia de wpa_supplicant, del interface, de todo.
para mi es el peor gestor de conexiones, por lo agresivo y posesivo que es, es mil veces mejor gestor de conexiones wicd.
bien, si quieres conectarte por pin tienes que seguir estos pasos
1 mata networkmanager
bien con killall en caso de slackware o bien con el que use tu distribución linux para matar procesos.
2 mata wpa_supplicant
en slackware seria
edita el archivo /etc/wpa_supplicant.conf con esto
ctrl_interface=/var/run/wpa_supplicant
ctrl_interface_group=0
update_config=1
3 activa el wpa_supplicant
wpa_supplicant -B -i$device -c/etc/wpa_supplicant.conf
el parametro -B es para que se ejecute en background, te recomiendo que no se lo pongas para ver como se conecta desde la consola, claro esta, asi en el momento que cierres la consola, matas el proceso

wpa_supplicant -iwlan0 -c/etc/wpa_supplicant.conf
yo no necesito añadir drivers, mi version de wpa_supplicant coge los drivers wext por defecto, si por un casual la versión de tu distribución linux te los pide pues ya sabes los añades "-Dwext"
4 bien, si me has hecho caso y no has utilizado la opcion -B de wpa_supplicant, pues tienes que abrir otra consola
y ahi utilizas wpa_cli
wpa_cli wps_reg bssid pin
y entonces veras como en la shell que tenias abierta con el wpa_supplicant se negocia la conexión
una vez que el wpa_supplicant termine de negociar la conexion, vuelves abrir el /etc/wpa_supplicant.conf y veras la clave psk, y como lo que pusiste tu al principio ha desaparecido.
y si eres un poquito perspicaz te darás cuenta de que wpa_supplicant no se conecta con el pin, sino que lo que hace es negociar la clave psk con el pin, y una vez obtenida ya se conecta con la clave
