No estoy seguro pero diría que ya no se puede. Intenta buscar algún sofware que lo haga, pero desde el propio ubuntu 99% seguro que no, al menos en la 12.04 LTS que fue la última que usé. Por cierto, lo único que se cifra es la partición /home, y si no la has creado olvi-da-te porque el sistema no se va a cifrar él mismo mientras esta en uso.

El problema es que el cifrado de archivos de manera nativa viene integrado con lo que es el funcionamiento del núcleo del sistema y es horrendamente complicado habilitar y deshabilitar una ves que ya lo hiciste desde la setup, te lo digo por experiencia propia.

Te doy un consejo, haz como yo y ahorrate las aspirinas para el dolor de cabeza y respalda tus archivos y formatea, te aseguro que va a ser mas fácil, rápido y productivo que hacerlo de manera manual. Si no me crees toma el tiempo desde que hiciste este post hasta que lo soluciones sin dejar ninguna secuela en tu sistema por falta de alguna configuración adicional y toma el tiempo en que tardas en respaldar e instalar todo otraves.