kali es un sistema inestable e inseguro, hecho para ser usado en modo live, ya que instalado tiende a corromperse muy rapido... esto es así porque es un sistema especializado para fines especificos

yo no recomendaría un upgrade a todo así porque muchas cosas van a fallar, si necesitas una version nueva de una herramienta solo actualiza la herramienta

mi recomendación, borra esa instalación y úsalo desde pendrive... si quieres un linux para dia a dia hay muchas opciones (como ubuntu de donde se deriva kali) muy estables y bastante buenas, al final para instalar las herramientas solo necesitas usar apt, porque nada de eso es exclusivo de kali, incluso puede que estén versiones mas actualizadas