Tendrás que hacer también una copia de seguridad de la base de datos y mejor que semanal, mejor que sea diaria.

En el foro actualmente hacemos dos copias de seguridad diarias, una por la mañana y otra por la tarde, del public_html y de la base de datos usando dos sistemas distintos, uno con mysldump y otro con mysql hotcopy

Después puedes mover la copia de seguridad un servidor de backup con scp remoto:

scp - SeCure Copy (remote file copy program)
http://blog.elhacker.net/2013/11/copiar-o-mover-ficheros-o-directorios-carpetas-remotamente-scp-ssh-tar.html

Mediante llaves públicas no necesitas usar contraseñas y lo puedes programa en un cron.