Tendrás que hacer también una copia de seguridad de la base de datos y mejor que semanal, mejor que sea diaria.
En el foro actualmente hacemos dos copias de seguridad diarias, una por la mañana y otra por la tarde, del public_html y de la base de datos usando dos sistemas distintos, uno con mysldump y otro con mysql hotcopy
Después puedes mover la copia de seguridad un servidor de backup con scp remoto:
scp - SeCure Copy (remote file copy program)http://blog.elhacker.net/2013/11/copiar-o-mover-ficheros-o-directorios-carpetas-remotamente-scp-ssh-tar.htmlMediante llaves públicas no necesitas usar contraseñas y lo puedes programa en un cron.
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tendré que ponerle conforme se vallan creando se borren las antiguas 
