Que yo sepa te puedes conectar como root sin hacer ninguna configuración antes (que yo sepa). De todas formas, si no te deja, editas su archivo de configuración que está en /etc/ y buscas una línea que ponga root, o allow root, o algo así, ahora mismo no me acuerdo si no lo veo.

Pero no te tiene que dar ningún problema. Y en efecto, es con putty desde windows.

PD: tienes que instalar openssh si no lo tienes.

Wiki ¿A que te refieres con 'administrarlo mediante una interfaz gráfica' que es exactamente lo que quieres administrar?

Bueno, evidemente el manejo por consola ya sea por ssh o por otro tunel proporciona mayores capacidades de manejo de un sistema, pero eso no quiere decir que usar una gui o un entorno grafico sea malo, existen muchos servicios para el manejo de entornos de sistemas mediante interfaz grafica, o pues, como se dice "escritorios remotos", mi favorito sin duda es team viewer, es en un palabra: "excelente"

Con teamviewer puedes entrar a cualquier maquina, independientemente de su plataforma, desde otra maquina, sin que este dependa del sistema, puedes entrar a sistemas windows, mac, bsd, linux, etc desde otras maquinas con sistemas windows, mac, bsd, linux...en fin, creo que me entiendes, lo importante es que soporte el hardware, y pues una buena conexión y un buen hardware, pues al ser un sistema de virtualización de sistemas consumira bastante. Pero puedes usar maquinas "regulares" y aún así el programa correra, no volará, pero puedes ponerlo al minimo para un rendimiento decente, y así, tendrás control de escritorios remotos.

Afortunadamente su licencia es libre para uso comercial, no es abierto, pero no molestan con la pirateria para uso casero. muy bueno, team viewer es lo que necesitas.