Es algo simple nada del otro mundo,

USE [DBAcceso]
GO
/****** Object:  Table [dbo].[Acceso]    Script Date: 07/07/2014 10:42:42 ******/
SET ANSI_NULLS ON
GO
SET QUOTED_IDENTIFIER ON
GO
CREATE TABLE [dbo].[Acceso](
	[id] [INT] IDENTITY(1,1) NOT NULL,
	[idEmpleado] [INT] NOT NULL,
	[fechaIngreso] [datetime] NULL,
	[fechaSalida] [datetime] NULL,
	[estado] [tinyint] NOT NULL,
 CONSTRAINT [PK_Actividad] PRIMARY KEY CLUSTERED 
(
	[id] ASC
)WITH (PAD_INDEX  = OFF, STATISTICS_NORECOMPUTE  = OFF, IGNORE_DUP_KEY = OFF, ALLOW_ROW_LOCKS  = ON, ALLOW_PAGE_LOCKS  = ON) ON [PRIMARY]
) ON [PRIMARY]
GO
/****** Object:  ForeignKey [FK_Acceso_Empleado]    Script Date: 07/07/2014 10:42:42 ******/
ALTER TABLE [dbo].[Acceso]  WITH CHECK ADD  CONSTRAINT [FK_Acceso_Empleado] FOREIGN KEY([idEmpleado])
REFERENCES [dbo].[Empleado] ([id])
GO
ALTER TABLE [dbo].[Acceso] CHECK CONSTRAINT [FK_Acceso_Empleado]
GO
 

USE [DBAcceso]
GO
/****** Object:  Table [dbo].[Acceso]    Script Date: 07/07/2014 10:42:42 ******/
SET ANSI_NULLS ON
GO
SET QUOTED_IDENTIFIER ON
GO
CREATE TABLE [dbo].[Acceso](
	[id] [INT] IDENTITY(1,1) NOT NULL,
	[idEmpleado] [INT] NOT NULL,
	[fechaIngreso] [datetime] NULL,
	[fechaSalida] [datetime] NULL,
	[estado] [tinyint] NOT NULL,
 CONSTRAINT [PK_Actividad] PRIMARY KEY CLUSTERED 
(
	[id] ASC
)WITH (PAD_INDEX  = OFF, STATISTICS_NORECOMPUTE  = OFF, IGNORE_DUP_KEY = OFF, ALLOW_ROW_LOCKS  = ON, ALLOW_PAGE_LOCKS  = ON) ON [PRIMARY]
) ON [PRIMARY]
GO
/****** Object:  ForeignKey [FK_Acceso_Empleado]    Script Date: 07/07/2014 10:42:42 ******/
ALTER TABLE [dbo].[Acceso]  WITH CHECK ADD  CONSTRAINT [FK_Acceso_Empleado] FOREIGN KEY([idEmpleado])
REFERENCES [dbo].[Empleado] ([id])
GO
ALTER TABLE [dbo].[Acceso] CHECK CONSTRAINT [FK_Acceso_Empleado]
GO
 

prueba quitando el "clustered" a "non-clustered".

CONSTRAINT [PK_Actividad] PRIMARY KEY CLUSTERED

y si quieres mantener el Clustered. Crea un index:

CREATE INDEX DBAcceso.index_Acceso
ON DBAcceso.Acceso (id)

U.u

Y el index?

Descargate el Sql server Management Studio, para descartar problemas del cliente o del servidor.

http://www.microsoft.com/es-cl/download/details.aspx?id=7593

Son 198.6 mb.

@Ari Slash ese ya lo tengo, como dije al inicio... He hecho esto por años, pero esta es la única vez que me presenta este problema.

@MinusFour, en excel es una SELECT a una tabla -sólo para ver la conexion-, y en mi aplicación es un pinche select básico..

string Sql = "SELECT id, nombre, apellido ";
Sql += "FROM Empleado ";
Sql += "WHERE estado = 1 AND cedula = '" + cedula + "'";