La New Horizons posee dos ordenadores redundantes denominados IEM (Integrated Electronic Modules) que están dirigidos por procesadores Mongoose V a 12 MHz dotados de una memoria de estado sólido de 64 Gbits cada uno. Puesto que evidentemente no se trataba de una situación normal, la sonda entró en modo seguro y siguió el protocolo programado. Esto es, interrumpir lo que estaba haciendo, cortar las comunicaciones, comprobar los sistemas y el estado del vehículo y, por último, enviar una señal a la Tierra solicitando instrucciones. En total, la New Horizons estuvo unos noventa minutos sin comunicarse con la red de espacio profundo (DSN) de la NASA.


Como se sospechaba, la culpa del fallo estaba relacionada con la crítica secuencia de instrucciones -¡nada más y nada menos que 20 799!- que la nave debe ejecutar desde el día 7 de julio hasta después del sobrevuelo con el fin de llevar a cabo 461 observaciones del sistema de Plutón con varios instrumentos. El 3 de julio el equipo de la misión había cargado la secuencia en el ordenador de reserva y el día 4 procedieron a hacer lo propio en el principal. El problema es que, al mismo tiempo, el ordenador principal estaba comprimiendo datos obtenidos anteriormente para ser enviados a la Tierra, por lo que el procesador primario se sobrecargó. Afortunadamente, los ingenieros de la misión identificaron el problema en menos de una hora. Según Stern, se perdieron 16 imágenes de la cámara LORRI y 4 de la cámara Ralph, además de 4 espectros ultravioletas de Alice y uno infrarrojo de Ralph. También se han perdido casi tres días de datos de los experimentos SWAP y PEPSSI. Nada realmente crítico, aunque tampoco se trata de una pérdida menor.