Eso daña la parte "Open Source" de proyecto, PERO, sigue siendo una herramienta, que por lo menos yo, no voy a dejar de usar. Un ejemplo, si voy a hacer una piscina y necesito un tractor de esos excavadores de marca Caterpillar, no le voy a pedir la empresa que me de los planos de construcción, para ver si le modifico algo para adaptarlo a mis necesidades, ya que viene de fábrica con buenas prestaciones. Lo mismo sucede con .Net, bueno no tanto con mono, pero si con el framework en general.
Es mi parecer