Existe algún software / aplicación que permita realizar anotaciones mediante se construye una aplicación. Es decir, algo tipo agenda en donde yo pueda definir el día y los procedimientos realizados. Después sacar todos los días que contengan acciones para especie de informe.

Especialmente que sea para Linux. Sino pues tengo el wine.

necesitas un gestor de proyectos, de eso hay mucho. ambiente web o escritorio, personalmente recomendaria una metodología de desarrollo sobre una herramienta