Dijiste que en el Mplab tu código funcionaba. Si compilaste correctamente tu .hex, esto quiere decir que deberías haber configurado correctamente tu compilador, el problema está en el ISIS,
Prueba el pic unicamente con los switchs y led's conectados ambos a GND. Un consejo, el pic no necesita del Clock, lo puedes configurar en las propiedades. El MCLR conectalo a VCC no a la batería.
Otra cosa el 16f84 funciona con 5V no con 12V
Salu2!
PD:Si no te funciona... Depura con el debugger del ISIS...