Saludos,

- Supongo que has utilizado el comando: dir /a
-- Él te muestra todos los ficheros y directorios (archivos y carpetas) incluidos los ocultos y de sistema.

- También tienes el comando: dir /a /s
-- Él te muestra todos los ficheros, directorios y subdirectorios con sus ficheros incluidos los ocultos y de sistema, usa este para reconocer algún fichero o directorio tuyo (esto para que no lo elimines por accidente).

- Opcionalmente, y creo que te vendría mejor utilizar el siguiente comando para ver desde el explorador de windows el directorio y todo su contenido, ejecútalo en la Raíz de tu unidad USB (Ej.: F:\): attrib -h -s  -r /s /d
-- Él deja visibles todos los directorios y ficheros de toda la Unidad en la que se ejecutó (F:\), luego usa el explorador de windows para revisar, discriminar y eliminar lo que te interese. Este comando puede llegar a tardar varios minutos, espérale.

- Para eliminar la carpeta de nombre: "System Volume Information" primero tienes que renombrarla con otro nombre utilizando el comando: ren "System Volume Information" eliminame

-- Windows no permite eliminar la carpeta "System Volume Information" ni renombrarla desde el explorar de windows, luego de renombrarla si que puedes eliminarla.

- Si es un virus? Pues en realidad no, lo cierto es que es una carpeta, aunque también es cierto que dentro pueden alojarse algunos bichos, por ello la importancia de que revises  si contenido con mucho cuidado, si no reconoces algo elimínalo. Ya de hecho es raro que una Memoria USB con un Sistema de Ficheros que NO sea NTFS tenga esta carpeta.
-- Si mal no recuerdo, la carpeta "System Volume Information" guarda los Puntos de restauración del sistema, por esto sólo debes de eliminarla en tu dispositivo USB y NO en el disco del Sistema (C:\)

La única forma de saber si un fichero es un virus es pasar un antivirus... un nombre por sí sólo (da igual cual sea), no supone ser ni no ser un virus.

Crea un fichero de texto y renómbralo a "supervirus infecto.txt", verás que nada lo convierte en un virus...

Muchos virus se esconden en esa carpeta precisamente porque ante la posibilidad de ser eliminados dle sistema, una posterrior restauración dejaría activo el virus de nuevo...

La carpeta es legítima, su contenido es otra cosa... en cualquier caso, para una unidad USB, esa carpeta es innecesaria... de hecho la utilidad se restringe exclusivamente a la unidad que porta el S.O.