será un virus?
Rotundamente NO. Un virus / software malicioso no se vuelve tan selectivo como para eliminarte convenientemente los archivos de video de las temporadas de una serie específica en un disco externo y dejar todo lo demás sin tocar. Si estuvieras infectado con un virus diseñado para borrar archivos entonces notarías los efectos enseguida por que te faltaría contenido en medio disco atacando / eliminando archivos con extensiones conocidas, o la partición entera estaría eliminada o tendrías todos los archivos cifrados o corrompidos (volviendo los videos irreproducibles). Y no solamente en tu disco externo sino en el que tengas conectado y funcionando como sistema operativo. Eso sería lo más probable. Pensar que un posible virus solamente ha decidido borrarte dos carpetas con archivos de video tiene una probabilidad prácticamente nula.
Así que olvida eso del virus. Lo que te ocurre tiene otro diagnóstico.
Nota: ahora bien, esto no quita que taaaaal veeeeez si que pudieras tener aparte alguna infección de malware o spyware o similar en tu PC pero de forma secundaria y totalmente desvinculada a este problema en específico, básicamente por que, dependiendo del tipo de usuario y las medidas de precaución que tome o deje de tomar, puede ser bastante común tener un malware y no enterarse. Por lo que la sugerencia del compañero @
Danielㅤ sobre realizar un análisis profundo en tu PC nunca está de más para salir de dudas y para mantener buenos hábitos. ¿Pero que un virus te haya causado el borrado de dos carpetas de una serie de TV y solamente eso? Puedes apostar todo a que NO. Lo único parecido con algo de viabilidad que se me ocurre sería la posibilidad de estar infectado con un troyano (como un RAT), y que el atacante de forma remota te haya borrado esas dos carpetas tan específicas para "trolearte" sabiendo que luego no las ibas a encontrar. La posibilidad de esto sigue siendo prácticamente nula en la vida real.
yo casi aseguraría que no borre absolutamente nada
Una posibilidad es que la memoria te esté jugando una mala pasada y esa carpeta la tengas en otra ruta (u otro disco) que no hayas buscado, o realmente la hayas borrado accidentalmente y sin darte cuenta. O quizás le hayas cambiado el nombre a la carpeta o a los archivos del interior.
Son cosas que suelen pasar...
Otra posibilidad, en mi opinión improbable, pero podría ser que de forma intencional o involuntaria hayas ocultado la carpeta, me refiero a que le hayas asignado el atributo de archivo oculto y por eso no la encuentras en caso de que no hayas activado la opción para ver archivos ocultos. O incluso el atributo de archivo de sistema.
Por posibilidades, y sin saber lo que hayas hecho ni cual es la configuración de tu entorno, sería posible que tuvieras las opciones de caché de escritura activadas en el disco externo (cosa que viene activada activada por defecto e implica un gran riesgo para lo poco que ofrece) y/o hubieras desconectado el disco de forma insegura mientras se estuviera leyendo o indexando (o tal vez escribiendo) en esa carpeta en segundo plano, y eso directamente la haya corrompido e "invisibilizado" volviéndola inaccesible. Esto me sucedió a mi mientras copiaba una carpeta a un disco externo, la carpeta ya estaba creada y había algunos archivos creados, pero mi mascota tiró del cable y al volver a conectar el disco la carpeta que fue creada y su contenido había desaparecido para siempre (y si mal no recuerdo juraría que en el posterior análisis no se detectaron errores en el disco, pero por seguridad volqué todo el contenido a otro disco, hice un formateo de este que se desconectó de forma abrupta, y me quité de problema).
Pero yo en tu lugar y antes de empezar a preocuparme en serio, lo primero que haría sería activar las opciones para ver archivos ocultos y archivos de sistema en el explorador de Windows, y hacer una simple búsqueda filtrando por comodines "*.*" para listar todos los archivos con extensión de ese disco externo, y entonces ordenar los resultados por algún dato que recuerdes aproximadamente como la fecha de creación o de modificación o el tamaño o la resolución (propiedades 'Alto fotograma' y 'Ancho fotograma') de video, y hacer una revisión manual a ver si lo encuentras...
Algo muy simple, sencillo y básico como esto:

Nota: como alternativa podrías usar software de terceros como
Everything:
https://www.voidtools.com/es-es/Si tras esa comprobación básica pero haciendo una revisión
minuciosa sigues sin encontrar la carpeta y sus archivos, lo siguiente sería utilizar un software de recuperación de datos, más que nada para ver si es capaz de encontrar rastro de esos archivos suponiendo que realmente hayan existido en ese disco, y si los encuentras, pues el siguiente paso como es obvio sería iniciar el procedimiento de recuperación (a otro disco distinto al externo).
Para esto te sirve cualquier software especializado, desde
Recuva hasta
Disk Drill.
Por último, déjame darte un par de recomendaciones:
1. Para evitar borrados accidentales de archivos con la tecla suprimir o eliminando con el menú contextual, te recomiendo asignarle el atributo de sistema a todos los archivos que haya en ese disco. Al hacerlo, te pedirá doble confirmación para borrar cualquier archivo "de sistema":

Por lo que tendrás una segunda oportunidad mediante un aviso visual para evitar borrar un archivo importante de forma accidental.
Para asignarle el atributo de archivo de sistema a todos los archivos y carpetas de tu disco, es tan sencillo como ejecutar este comando en la consola:
Attrib.exe +S "E:\*" /S /D
...cambiando la letra de unidad "E" por la de tu disco externo.
Si prefieres asignarle el atributo solamente a archivos de video:
Attrib.exe +S "E:\*.mp4" /S
Attrib.exe +S "E:\*.mkv" /S
Attrib.exe +S "E:\*.avi" /S
Attrib.exe +S "E:\*.wmv" /S
etc.
Nota: para modificar los atributos a archivos ocultos (+H) primero tendrás que quitarle el atributo de archivo oculto (-H).
2. También para evitar otra forma de borrado accidental por archivos que se pueden quedar inaccesibles en discos externos durante ciertas circunstancias, te sugiero encarecidamente que desactives ciertas opciones de rendimiento en ese disco externo...
Más info aquí:
[APORTE] [PowerShell] Desactivar directivas de caché de escritura en todos los discos conectados.3. Para no depender de la memoria y evitar quedarte con la duda de si borraste un archivo, una solución muy efectiva es crear instantáneas (snapshots) de la estructura de archivos del disco. Creas una instantánea, y en el futuro si quieres saber lo que falta en el disco simplemente creas una nueva instantánea y la comparas con la última que realizaste.
Para ello puedes utilizar programas como
FolderSizes:
https://www.foldersizes.com/download, aunque debo decir que para usar la funcionalidad de crear y comparar snapshots necesitas la versión de pago.
Una alternativa a esto sería crear y mantener un
catálogo de archivos local (que básicamente vendría a ser lo mismo que una instantánea pero sin funcionalidad de comparar). De este modo sabrás exactamente qué contiene cada unidad externa en cuestión de segundos y sin necesidad de conectarla.
Para ello puedes usar programas como
WinCatalog:
https://www.wincatalog.com/es/ (de pago),
Easy Disk Catalog Maker RBSoft:
https://apps.microsoft.com/detail/9nd3r16qcw8b?hl=es-ES&gl=ES (este no lo he probado, pero es gratuito),
Snap2Html https://www.rlvision.com/snap2html/about.php (también gratuito), o también con
Everything, el cual ya mencioné antes, entre otros muchos.
Muchos te permiten navegar de forma interactiva por el catálogo / instantánea como si fuese un explorador de archivos.