Prueba esto que yo he usado, abre el DOS o Simbolo de sistema, Inicio>ejecutar y escribe cmd y luego dar en aceptar.

Escribe la letra de tu USB por ejemplo "G:" (sin comillas voy a escribir mas con comillas pero no las uses)
Despues escribe "dir /a" y te saldra la lista de carpetas.
Deplano ese virus hace que se oculten y saber que mas, entonces escribe el siguiente commando "attrib -h -s -r -a *.*" y revisa en la usb si hay algun o algunos archivos "exe" que no sean suyos y eliminelo y tambien un archivo llamado "autorun.exe", luego usar este comando para desocultar las carpetas "attrib -h -s -r -a nombre de la carpeta" y asi a cada una. Y si no se elimina el virus usar un buen antivirus para que los elimine.