Weno...
Yo tengo varias cuentas de mail (gmail, hotmail, yahoo) y las tengo configuradas con Thunderbird que es un potente cliente de correos propiedad de la fundacion Mozilla, entre las tantas caracteristicas y ventajas una de ella es que te permite hacer backup desde cualquiera de tus cuentas, checa este
Link donde explican muy bien y paso por paso como hacerlo especificamente para gmail.
P.D: El original esta en ingles pero lo traduje a español con tio google.. ojala te funcione.
Saludos.