No estoy muy seguro de que responderte, pero pienso que no existe una lista a nivel general que englobe que tipos de archivo corresponden a tal aplicacion y/o a tal otra, por decirlo de alguna manera, aunque, bueno, una forma de ver que archivos son de tal aplicacion, supongo que es instalando una determinada aplicacion para luego ver que archivos generan en caso de, por ejemplo, guardar un documento de texto como pueden ser (por citar algunos ejemplos) Microsoft Word y/o open office, por citar algunos ejemplos.
Por otra parte, y, si te refieres solo y de forma muy concreta a archivos tipo ".php" (u algo asi), francamente, nunca he programado en php, por lo que no se que aplicacion y/o programa es necesario para crearlos, leerlos y/o modificarlos, pero, por otra parte, y, si no meto la pata haciendo una pifia al decir esto, los archivos ".php" son utilizados por programas para mantener y/o crear cosas tipo servidor web (como pueden ser apache) y mostrar webs y crear y mostrar foros y otras cosas relacionadas con internet, o, almenos, eso creo, pese a no estar muy puesto en este tema por el hecho de que detesto trabajar con cosas tipo redes y servidores, pese a que hice preguntas sobre el tema de crear servidores y/o foros hace ya algunos meses por curiosidad (por decirlo de alguna manera), pero bueno, que le vamos a hacer.
Espero haberte podido ser de ayuda.
Muchas gracias por vuestra atencion.
Saludos.

Entonces, he de decir que no se cual es la aplicacion que crea cada ".php"; no se, a lo mejor con algun editor de scripts.....
Pero que vamos, no estoy seguro de esto, por lo que lamento no poderte ser de mas ayuda para resolverte la duda que tienes, aunque, quizas, buscando por google, quizas puedas encontrar algo con respecto a tu duda.
Muchas gracias por vuestra atencion.
Saludos.

Ciertamente, desconozco un programa con ciertas características, pero sería muy interesante que si descubres alguno por la red que lo compartieras aquí como respuesta :DD