¿Por qué no lo explicas con imágenes? ¿no sabes subir una imagen y linkearla aquí? Por si acaso, te recomiendo este sitio
https://es.imgbb.com/

Algo similar a lo que quieres lo hice. Cuando quiero poner niebla por ejemplo, en Flash, pondría un circulo gris con transparencia, y encima otro circulo más grande también transparente, y así sucesivamente. Nunca intenté hacerlo tan serio, pero si lo hubiera hecho tendría que poner MUCHOS circulos con diferencias mínimas de tamaño... así que lo mejor sería usando código. Algo así:
Tamaño=10
Insertar circulo con tamaño Tamaño
// Frame 2
Tamaño+0.1
Insertar circulo con tamaño Tamaño
Si Tamaño<100
___goto Frame 2
sino
___Fin

Lo más común en estos casos es usar las Tools de ImageMagick, en particular Composite que justo es para sobreponer cosas

La única duda que tengo es saber si tus imágenes tienen los tamaños correctos, es decir, el resultado sería el siguiente (He reducido el tamaño de las imágenes a la mitad para que se aprecie mejor):

Imagen 01:


Imagen 02:


Imagen resultante:


Eso es porque tu imagen 02 es mucho más grande (no ignorar la transparencia). Si no tienes problemas con esto vas y te descargas ImageMagick: https://download.imagemagick.org/ImageMagick/download/binaries/ImageMagick-7.1.0-portable-Q16-HDRI-x86.zip

Dentro está el composite.exe solo lo necesitas a él así que ponlo junto con tus imágenes, por ejemplo:



Ahora te descargas este Script que se encargará de hacer todo el trabajo, tienes que colocarlo igual en la misma carpeta de tus imágenes y simplemente darle doble click, él creará una nueva carpeta Resultado con las imágenes sobrepuestas
https://mega.nz/file/4ooEjQCb#a3pS_MNvkKbcJoaAcDhuighmyMRJoeYL2fZR-Ssz8oI

Listo, con eso deberías solucionar tu problema. Otra opción es crear un Script javascript para Photoshop pero eso ya conlleva algo más de elaboración XD.

---
Contenido del Script:

@Echo Off
MD Resultados
Echo Trabajando ...
For %%a In (*.jpg) Do composite.exe %%a %%~na.png Resultados\%%a
Echo Trabajo completado, puede cerrar este programa
Pause>NUL

En tus últimas imágenes veo que los QR son .jpg y además no tienen márgenes. Para hacer un Script se necesita precisión: carpetas contenedoras, nombres de archivos, tamaños de imágenes, etc

Voy a suponer que la imagen del logo (CM-num-000001.jpg) mide 473x237 y el QR (CM-000001.jpg) mide 260x260 pero cuando se va a insertar dentro del logo mide la mitad: 130x130 y se localizará en las coordenadas

El Script sería:

@Echo Off
MD Resultados
Echo Trabajando ...
SetLocal EnableDelayedExpansion
For %%a In (Logos\*.jpg) Do (
  Set logo=%%a
  Set qr=%%~nxa
  Set qr=QRs\!qr:num-=!
  composite.exe -geometry 130x130+283+37 !qr! !logo! Resultados\%%~nxa
)
Echo Trabajo completado, puede cerrar este programa
Pause>NUL

Solo abre el archivo superpone.cmd con el bloc de notas (click derecho > Editar) y reemplaza el contenido

ANTES de ejecutar el script asegúrate de preparar tu área de trabajo, es decir, crea las carpetas QRs y Logos, pon dentro de ellas los QRs y Logos con lo que se va a trabajar, el script funcionará bien si los nombres de los archivos son tal cual muestras en tus últimas imágenes



Los archivos se guardarán en la carpeta Resultados siguiendo el patrón CM-num-000001.jpg porque no entiendo bien el patrón que estás usando XD

Millones de gracias!!!!!!!!!! me has salvado de hacer muchas horas de trabajo! Puedo ayudarte haciendo promo tuya de alguna manera o inscribiéndome a algún lado?????
Millones de Gracias!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!