Las ondas se pueden hacer en photoshop, La animacion puede ser en imageready con un poco de imaginacion.

Se hace en photoshop.

Existen varios filtros que permiten hacer ondas de agua. Por ejemplo este:
http://www.alienskin.com/ec5n/index.html

Solo tienes que duplicar unas 5 veces o mas (dependiendo la complejidad que quieras lograr) la capa del objeto al que le quieres dar el efecto. Le aplicas el filtro a cada capa con configuración diferente. Un poco más avanzadas las ondas cada vez.

Despues, ocultando las capas de una por una, guardas cada cada imagen por separadao, la importas en flash y pones cada una en un fotograma clave diferente.

En ImageReady seria parecido. Simplemente importas cada imagen que creaste con el photoshop. Creas un cuadro de animación (en la ventana animación) por cada imagen. Las pones todas en un mismo documento. En cada cuadro de animación haces visible las capas de una por una. Para que de el efecto de movimiento.

Salu2