Hola, Tachikomaia. Para automatizar eso con varias imágenes, lo más práctico es lo siguiente:

1) En GIMP: Archivo > Abrir como capas no sirve para esto, pero sí Filtros > Python-Fu / Script-Fu o el plugin BIMP (Batch Image Manipulation Plugin), que aplica la misma operación a una carpeta entera y exporta todo en PNG (que conserva la transparencia).
2) En Photoshop: grabas una Acción con el recorte/borrado de fondo y luego usas Archivo > Automatizar > Lote.
3) Si lo que quieres es solo quitar el fondo y dejarlo transparente sin hacerlo a mano, puedes usar un quitafondos automático online: subes la foto y te devuelve un PNG transparente en segundos, sin instalar nada. Este es gratuito y en español: Source

Un consejo: guarda siempre el resultado en PNG (no JPG) para no perder la transparencia. Saludos.