porque probalemente el client mysql está tratando de conectarse a otro server/puerto/socket
Seguramente, a la conclusion que he llegado es que xampp me instalo el socket en alguna otra carpeta distinta de la que usa al intentar iniciar mysql directamente.
Como decia mas arriba, todo funciona correctamente al iniciar con xampp, tanto en entorno grafico como en la terminal.
Muchas gracias por vuestra ayuda